În conformitate cu Hotărîrea privind aprobarea structurii şi efectivului-limită ale Centrului Naţional Anticorupţie nr. 34 din 11.03.2016 (MODIFICAT HP181 din 19.01.19, MO388-392/27.12.19 art.304; în vigoare 01.01.20), structura Centrului conţine:

Structura aparatului central al Centrului Naţional Anticorupţie

1.  Conducerea (director, doi directori adjuncţi)
2.  Direcţia generală prevenirea corupţiei
3.  Direcţia generală combaterea corupţiei
4.  Direcţia generală urmărire penală
5.  Direcţia generală asigurare operativă
6.  Agenţia de Recuperare a Bunurilor Infracţionale (cu statut de direcție generală)
7.  Direcţia testarea integrităţii profesionale
8.  Direcţia analitică
9.  Direcţia cooperare internaţională
10.  Direcţia securitate internă
11.  Direcţia logistică şi administrare
12.  Direcţia comenduire
13.  Secţia resurse umane
14.  Secţia management operaţional
15.  Secţia evidenţă contabilă şi retribuirea muncii
16.  Secţia secretariat şi arhivă
17.  Serviciul juridic
18.  Serviciul relaţii publice
19.  Serviciul  audit intern

Lista subdiviziunilor teritoriale ale Centrului Naţional Anticorupţie

1. Direcţia teritorială „Centru”
2. Direcţia generală teritorială „Nord”
3. Direcţia generală teritorială „Sud”

Reşedinţa şi raza de activitate a subdiviziunilor teritoriale ale Centrului Naţional Anticorupţie

1. Direcţia teritorială „Centru”, cu sediul în municipiul Chişinău, va deservi raioanele Străşeni, Ialoveni, Anenii Noi, Dubăsari, Căuşeni, Ştefan-Vodă, Hînceşti, Nisporeni, Călăraşi, Orhei, Rezina, Criuleni şi municipiul Chişinău.
2. Direcţia generală teritorială „Nord”, cu sediul în municipiul Bălţi, va deservi raioanele Briceni, Ocniţa, Edineţ, Donduşeni, Soroca, Drochia, Rîşcani, Glodeni, Floreşti, Făleşti, Sîngerei, Teleneşti, Ungheni, Şoldăneşti şi municipiul Bălţi.
3. Direcţia generală teritorială „Sud”, cu sediul în oraşul Cahul, va deservi raioanele Taraclia, Cahul, Cantemir, Basarabeasca, Leova, Cimişlia şi UTA Găgăuzia.