În conformitate cu Hotărîrea Parlamentului Republicii privind aprobarea structurii şi efectivului-limită ale Centrului Naţional Anticorupţie nr. 34 /2016 (modificările actuale - HP nr.217/2024, în vigoare 02.09.2024), structura Centrului Național Anticorupție conţine:
Aparatului central
Conducerea (director, doi directori adjuncţi)
Direcţia generală prevenirea corupţiei
Direcţia generală combaterea corupţiei
Direcţia generală urmărire penală
Direcţia generală asigurare operativă
Direcţia generală securitate şi resurse umane
Agenţia de Recuperare a Bunurilor Infracţionale (cu statut de direcţie generală)
Direcţia testarea integrităţii profesionale
Direcţia analitică
Direcţia cooperare internaţională
Direcţia logistică şi administrare
Direcţia juridică, management strategic şi operaţional
Direcţia economie, buget şi finanţe
Direcţia secretariat şi arhivă
Secţia regim secret, evidenţe speciale, monitorizarea şi căutarea persoanelor
Serviciul audit intern
Serviciul relaţii publice
Subdiviziunile teritoriale
Direcţia teritorială "Centru", cu sediul în municipiul Chişinău. Raza de activitate - raioanele Străşeni, Ialoveni, Anenii Noi, Dubăsari, Căuşeni, Ştefan-Vodă, Hînceşti, Nisporeni, Călăraşi, Orhei, Rezina, Criuleni şi municipiul Chişinău.
Direcţia generală teritorială "Nord" cu sediul în municipiul Bălţi. Raza de activitate - raioanele Briceni, Ocniţa, Edineţ, Donduşeni, Soroca, Drochia, Rîşcani, Glodeni, Floreşti, Făleşti, Sîngerei, Teleneşti, Ungheni, Şoldăneşti şi municipiul Bălţi.
Direcţia generală teritorială "Sud" cu sediul în oraşul Cahul. Raza de activitate - raioanele Taraclia, Cahul, Cantemir, Basarabeasca, Leova, Cimişlia şi UTA Găgăuzia.